5018 sayılı Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanunu 24.12.2003 tarihli Resmi Gazetede yayımlanarak kısmen yürürlüğe girmiştir. Bu kanuna bağlı olarak 24.12.2005 tarihli Resmi Gazetede yayımlanan 5436 sayılı Bazı Kanun ve Kanun Hükmünde Kararnamelerde Değişiklik Yapan Kanun ile 5018 sayılı Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanunu 01.01.2006 tarihinden itibaren yürürlüğe girmiştir. 5436 sayılı Kanunla, Araştırma Planlama ve Koordinasyon Kurulu Başkanlıkları kapatılarak kamu kurumları bünyesinde Strateji Geliştirme Birimleri kurulmuştur.
Bakanlığımız bünyesinde 01.01.2006 tarihinde faaliyete geçen Başkanlığımız; 5018 sayılı Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanununun 60’ıncı maddesinde sayılan görevler ile 5436 sayılı kanunun 15’inci maddesinde sayılan görevleri, Strateji Geliştirme Birimlerinin Çalışma Usul ve Esasları Hakkında Yönetmelik çerçevesinde yerine getirmektedir.
Başkanlığımız, 1 sayılı Cumhurbaşkanlığı Teşkilatı Hakkında Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi’nde Bakanlığımız hizmet birimleri arasında sayılmıştır.